WIPP se construyó para la eliminación de desechos transuránicos (TRU) generados por la defensa de los sitios del DOE en todo el país. Los desechos de TRU consisten en ropa, herramientas, trapos, residuos, escombros, tierra y otros artículos contaminados con plutonio y otros elementos radiactivos artificiales. Los desechos se eliminan permanentemente en habitaciones extraídas de una capa de lecho de sal subterráneo a más de 2000 pies de la superficie con una fecha de finalización de 2024.